Мария Ермолаевна Арсакова родилась в 1893 году в г. Тотьме в семье потомственного купца. После обучения в Санкт-Петербурге Мария Ермолаевна работала преподавателем в тотемской школе. В 1923 году она поступила на археологическое отделение Московского государственного университета к профессору Василию Алексеевичу Городцову, которого считают «отцом русской археологии».
Директор Череповецкого губернского музея Яков Терентьевич Богачев предложил М.Е. Арсаковой должность заведующей историко-этнографическим отделом. Мария Ермолаевна согласилась, подчеркнув, однако, что «Прежде всего я археолог, и поэтому мне очень желательны летом археологические экспедиции».
Основные исследовательские работы велись ею на Мологе, в Северном Белозерье, на озерах - Вещозере, Воже. В архиве музейного объединения имеются также данные о разведках М.Е. Арсаковой на Шексне, о раскопках ею насыпи в курганном могильнике у с. Дмитриево на р. Колоденке. Одним из важных моментов деятельности Марии Ермолаевны стало исследование в июле-сентябре 1927 года стоянки Водоба, на р. Водобе. Обнаружены многочисленные орудия из кремня и сланца, украшения, фрагменты глиняной посуды. Стоянку автор раскопок называет "Поселением родовой комунны".
Одновременно с археологическими исследованиями, Мария Ермолаевна занималась систематизацией фондов археологии, составляя списки и карты расположения памятников археологии на территории Череповецкой губернии.